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???metadata.dc.type???: Dissertação
Title: Descoberta de novos inibidores para a UDP-N-Acetilglicosamina Pirofosforilase do Moniliophthora perniciosa por triagem virtual
???metadata.dc.creator???: Silva Júnior, José Jorge 
???metadata.dc.contributor.advisor1???: Santos Junior, Manoelito Coelho
???metadata.dc.description.resumo???: Pragas são responsáveis por elevadas perdas na produção de cacau no Brasil e no mundo, dentre elas a vassoura-de-bruxa (VB) é uma das mais importantes e destrutivas para o cacaueiro, chegando a causar perdas de até 95% da produção. Essa praga disseminou-se muito facilmente no estado da Bahia devido a condições ambientais que proporcionaram a propagação da VB, causada pelo fungo Moniliophthora perniciosa. Diversos compostos químicos vêm sendo testados com o objetivo de prevenir ou erradicar a VB, porém não foram obtidos bons resultados, portanto, o presente trabalho teve como principal objetivo realizar ensaios in silico, a fim de identificar inibidores da UDP-N-acetilglicosamina pirofosforilase (UNAcP) do M. perniciosa. Para tanto, foram empregados métodos computacionais na busca de novos inibidores para a UNAcP, onde foram realizadas diferentes etapas de busca e avaliação. A etapa inicial da triagem virtual consistiu na escolha da função de pontuação, assim, foram avaliadas as seguintes funções de pontuação: Broyden­Fletcher­Goldfarb­Shanno (BFGS) presente no AUTODOCK VINA 1.1.2; Grid Score e Grid Score+Hawkins GB/SA ambos presentes no DOCK 6.5 e o cálculo do escore de consenso. Os resultados foram analisados através do cálculo de Fator de Enriquecimento (FE), analise da curva ROC e sua respectiva Área Sobre a Curva (AUC). O Grid Score apresentou FE(5)=7,85. A análise da curva ROC permitiu observar que a função Grid Score consegue identificar quase 40% das moléculas ativas com menos de 10% do banco de dados (moléculas ativas e falso positivos), a análise da AUC demonstrou que o Grid Score tem maior exatidão (AUC=0,87). Assim os resultados da avaliação apontaram o Grid Score como melhor função de pontuação para esse sistema. Foi utilizado um banco de dados composto por moléculas oriundas de fontes naturais. Os dez melhores resultados da triagem virtual feita no DOCK6.5 foram submetidos à plataforma on line ChemGPS-NP, para o cálculo dos descritores químicos. Assim, as moléculas foram recategorizadas, baseando-se nos valores do Grid Score do DOCK6.5 e descritores químicos do ChemGPS-NP. Os resultados apontaram a molécula ZINC68592326 com a melhor pontuação, a análise das interações intermoleculares indica que está molécula apresenta interações hidrofóbicas com os resíduos Ala380, Gln113, Gli112, Gli381, Ser168, Arg383, Pro221 e ligação de hidrogênio do tipo aceptora com distância de 3,32Å com o resíduo Asn224. A triagem virtual em banco de dados de moléculas oriundas de produtos naturais permitiu a investigação com um universo de estruturas com características muito diversas. Foi possível obter moléculas com grande diversidade estrutural entre os primeiros do ranking, porém, foram encontradas também moléculas muito similares às moléculas de referência. A utilização de métodos quimiométricos, é considerada muito útil e permitem uma escolha sistemática e consistente das estruturas, principalmente por levar em consideração, descritores químicos e características moleculares, permitindo uma avaliação mais criteriosa.
Abstract: Pests are responsible for high losses in cocoa production in Brazil and other countries, among them the witches' broom (WB) is one of the most important and destructive to the cocoa, even causing losses of up to 95% of production. This plague has spread very easily in the state of Bahia due to environmental conditions that provided the spread of WB, caused by the fungus Moniliophthora pernicious. Several chemical compounds have been tested in order to prevent or eradicate WB, however it has not showed good results, so the present study aimed to perform in silico assays were obtained in order to identify inhibitors of UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase (UNAcP) of M. perniciosa. For achieve this goal, computational methods have been employed in the search for new inhibitors for UNAcP where different stages of research and evaluation were performed. The initial stage of virtual screening consisted of the choice of the scoring function, thus the following scoring functions were evaluated: Broyden Fletcher Goldfarb Shanno (BFGS) present in AutoDock VINA 1.1.2; Grid and Grid Score Score+Hawkins GB/SA both present in DOCK 6.5 and calculate the consensus score. The results were analyzed by calculating Enrichment Factor (EF) analysis of the ROC curve and its respective Area under an ROC curve (AUC). The Grid Score presented EF(5)=7.85. The ROC curve analysis allowed us to observe that the Grid Score function can identify almost 40% of active molecules with less than 10% of the database (false positive and active molecules), AUC analysis demonstrated that the Grid Score has greater accuracy (AUC=0.87). Thus, these results showed what the Grid Score was the best scoring function for this system. A database composed of molecules derived from natural sources was also used. The top ten results of virtual screening of the DOCK6.5 underwent online platform ChemGPS-NP, for the calculation of chemical descriptors. Thus, the molecules were re-categorized, based on the values of the Grid Score DOCK6.5 and chemical descriptors ChemGPS-NP. The results indicate the ZINC68592326 molecule his the best score and the analysis indicates that this has hydrophobic interactions with Ala380, Gln113, Gly112, Gly381, Ser168, Arg383, Pro221 and hydrogen bond interaction (3.32Å) with Asn224. The virtual screening database of molecules derived from natural products research allowed with a universe of structures with very different characteristics. It was possible to obtain molecules with great structural diversity between the top ranking, however, also found very similar to the reference molecules. The use of chemometric methods is considered very useful and allows a systematic and consistent choice of structures, mainly by taking into account chemical descriptors and molecular characteristics, allowing for a more detailed evaluation.
Keywords: Moniliophthora perniciosa
Moniliophthora perniciosa.
UDP-N-acetilglicosamina pirofosforilase
Triagem virtual
Quimiometria
UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
Virtual screening
Chemometric
???metadata.dc.subject.cnpq???: CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
Language: por
???metadata.dc.publisher.country???: Brasil
Publisher: Universidade Estadual de Feira de Santana
???metadata.dc.publisher.initials???: UEFS
???metadata.dc.publisher.department???: DEPARTAMENTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS
???metadata.dc.publisher.program???: Mestrado Acadêmico em Biotecnologia
Citation: SILVA JÚNIOR, José Jorge. Descoberta de novos inibidores para a UDP-N-Acetilglicosamina Pirofosforilase do Moniliophthora perniciosa por triagem virtual. 2014. 70 f. Dissertação (Mestrado Acadêmico em Biotecnologia)- Universidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana, 2014.
???metadata.dc.rights???: Acesso Aberto
URI: http://localhost:8080/tede/handle/tede/103
Issue Date: 31-Jul-2014
Appears in Collections:Coleção UEFS

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