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http://tede2.uefs.br:8080/handle/tede/1139
Full metadata record
DC Field | Value | Language |
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dc.creator | Andrade, Bruno Silva | - |
dc.creator.Lattes | http://lattes.cnpq.br/6692846454039770 | por |
dc.contributor.advisor1 | Góes Neto, Aristóteles | - |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/6134133834289438 | por |
dc.date.accessioned | 2020-05-20T01:27:55Z | - |
dc.date.issued | 2011-06-20 | - |
dc.identifier.citation | ANDRADE, Bruno Silva. DNA e RNA polimerases do plasmídeo mitocondrial de moniliophthora perniciosa (Stahel) Aime & Phillips-Mora: caracterização, expressão, estudo de inibidores e filogenia molecular. 2011. 96 f. Tese (Doutorado Acadêmico em Biotecnologia)- Universidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana, 2011. | por |
dc.identifier.uri | http://tede2.uefs.br:8080/handle/tede/1139 | - |
dc.description.resumo | Neste trabalho foram estudados aspectos moleculares e evolutivos das DNA (DPO) e RNA (RPO) polimerases codificadas pelo plasmídeo mitocondrial de M. perniciosa. Modelos tridimensionais dessas polimerases foram construídos, utilizando Modelagem por Homologia, seguida de uma simulação por Dinâmica Molecular de 3500 picossegundos. Com as estruturas 3D das enzimas modeladas e validadas, foi realizado um processo de triagem virtual de compostos químicos, utilizando os bancos de dados KEGG, ZINC e PubChem, seguido do Docking Molecular (Autodock Vina) e Dinâmica Molecular MM/PBSA. Então, foram selecionados complexos mais estáveis DPO-Entecavir e RPO-Rifampicina. O estudo da expressão relativa dos genes codificadores das DNA e RNA polimerases foi feito através de RT-qPCR, utilizando-se cDNA diferentes fases de desenvolvimento do M. perniciosa. Foi na fase de primórdio em que houve um aumento significativo na atividade desses genes, o que provavelmente está relacionado com um processo de defesa do fungo contra o T. cacao. A análise filogenética foi realizada utilizando-se sequências de DNA e proteína das DPO e RPO do plasmídeo de M. perniciosa e de polimerases de outros 12 plasmídeos fúngicos, além de sequências de polimerases virais. Foram realizadas análises de Máxima Verossimilhança e Bayesiana, apenas de sequências fúngicas e da combinação entre fungos e vírus. As topologias das árvores filogenéticas resultantes dessas análises corroboram as hipóteses de Transferência Horizontal de Genes (THG) entre polimerases fúngicas e virais, além de delimitar as relações evolutivas das DPO e RPO do plasmídeo de M. perniciosa. | por |
dc.description.abstract | In this study we evaluated molecular and evolutionary aspects of DNA (DPO) and RNA (RPO) polymerases encoded by M. perniciosa mitochondrial plasmid. Three-dimensional models of these polymerases were constructed using a Homology Modeling approach, followed by Molecular Dynamics simulations of 3500 picoseconds. With modeled and validated 3D structures, we performed a virtual screening process in order to search for chemical compounds, using KEGG, ZINC and PubChem databases, followed by Molecular Docking (AutoDock Vina) and Molecular Dynamics MM/PBSA. Thus, we selected DPO-Entecavir and RPO-Rifampicin as the most stable complexes. The study of the relative expression of DPO and RPO genes was done by RT-qPCR, using cDNA from different developmental stages of M. perniciosa. In the phase of primordium, a significant increase in the activity of these genes occured, which is probably related to a self-defense process of the fungus against T. cacao. Phylogenetic analyses were performed by using DNA and protein sequences of DPO and RPO from M. perniciosa and other 12 fungal polymerases, as well as viral polymerases sequences. Then, Maximum Likelihood and Bayesian analyses were performed by using only fungal polymerase sequences, and the combination of fungal and viral polymerase sequences. Tree topologies results corroborate the hypothesis of Horizontal Gene Transfer (HGT) between fungal and viral polymerases, and delineate the evolutionary relationship of DPO and RPO M. perniciosa mitochondrial plasmid. | eng |
dc.description.provenance | Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2020-05-20T01:27:55Z No. of bitstreams: 1 Tese_BRuno SIlva.pdf: 5843479 bytes, checksum: cfe9c91b0dc94dcbc8fd4f0e3136700f (MD5) | eng |
dc.description.provenance | Made available in DSpace on 2020-05-20T01:27:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_BRuno SIlva.pdf: 5843479 bytes, checksum: cfe9c91b0dc94dcbc8fd4f0e3136700f (MD5) Previous issue date: 2011-06-20 | eng |
dc.format | application/pdf | * |
dc.language | por | por |
dc.publisher | Universidade Estadual de Feira de Santana | por |
dc.publisher.department | DEPARTAMENTO DE CIÊNCIAS BIOLÓGICAS | por |
dc.publisher.country | Brasil | por |
dc.publisher.initials | UEFS | por |
dc.publisher.program | Doutorado Acadêmico em Biotecnologia | por |
dc.rights | Acesso Aberto | por |
dc.subject | Moniliophthora perniciosa | por |
dc.subject | Mitocôndria | por |
dc.subject | Polimerases | por |
dc.subject | RT-qPCR | por |
dc.subject | Filogenia Molecular | por |
dc.subject | Mitochondria | eng |
dc.subject | Polymerases | eng |
dc.subject | Molecular Phylogeny | eng |
dc.subject.cnpq | CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL | por |
dc.subject.cnpq | CIENCIAS BIOLOGICAS | por |
dc.title | DNA e RNA polimerases do plasmídeo mitocondrial de moniliophthora perniciosa (Stahel) Aime & Phillips-Mora: caracterização, expressão, estudo de inibidores e filogenia molecular | por |
dc.type | Tese | por |
Appears in Collections: | Coleção UEFS |
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File | Description | Size | Format | |
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