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???metadata.dc.type???: Dissertação
Title: GATOOL - Genome Assembly Tool: uma ferramenta web para montagem de genomas bacterianos
???metadata.dc.creator???: Oliveira, Matheus Brito de 
???metadata.dc.contributor.advisor1???: Queiróz, Artur Trancoso Lopo
???metadata.dc.description.resumo???: A montagem de genomas bacterianos é um processo de reordenação de fragmentos, de forma que se possa representar o genoma original. Entretanto, para que a montagem de um genoma seja realizada visando maximizar os resultados, é preciso que algumas etapas sejam cumpridas, por exemplo: a análise dos fragmentos, o pré-processamento destes fragmentos e novamente uma repetição do processo de análise, para verificar a eficácia do pré-processamento realizado. O processo de montagem de genomas é uma etapa complexa, que envolve o tipo de sequenciamento que foi utilizado. Existem diversos tipos de sequenciadores, o que implica características distintas em cada um, como por exemplo: tamanho dos fragmentos, quantidade de fragmentos gerados por corrida, dentre outros. Analisando essas características, faz-se necessária a utilização de diversas ferramentas computacionais para auxiliar a todos os processos citados anteriormente e, como a gama de softwares disponíveis é bem ampla e distinta, é importante que o usuário domine essa diversidade computacional, contendo muitas vezes conhecimentos que não são da área biológica, implicando menos tempo para um aprofundamento das questões biológicas. Com base neste contexto, propõem-se um pipeline para a realização da análise de fragmentos, pré-processamento dos fragmentos, montagem de genomas e orientação de contigs, tendo como a montagem o objetivo principal do pipeline e este será gerenciado por uma aplicação web chamada GATOOL (Genome Assembly Tool). Visando avaliar o desempenho da aplicação, foram feitos testes com duas amostras de organismos procariontes, que são: Bacillus amyloliquefaciens e Serratia marcescens. Também foram realizados testes com sete amostras SRA. Ambos os organismos estão sequenciados na plataforma Ion PGMTM. Os montadores usados foram o SPAdes e o Velvet, ambos montadores, utilizam o algorítmo grafo de Bruijn como paradigma para a montagem do genoma; após esta etapa, o conjunto de contigs resultante foi ordenado através do CONTIGuator, que é uma ordenação por referência. Observamos que a interface GATOOL permitiu uma execução rápida e fácil de diversas etapas e processos no campo da montagem de genomas, inclusive realizando a montagem de duas espécies procariontes de maneira automatizada, facilitando assim a utilização e realização de tais processos por qualquer usuário.
Abstract: The assembly of bacterial genomes consists of a process of reordering fragments so that the original genome can be represented. However, to maximize the results of genome assembly, some steps are required, for instance, read quality analysis and preprocessing, repetition identification and quality check. The process of assembly of genomes is a complex step that involves the type of sequencing that was used, there are several types of sequencers which imply different characteristics for each one for example: fragments size, throughput, among others. Analyzing these characteristics requires the use of several computational tools, to assist in all the processes mentioned above, and since the range of software available is quite broad and distinct, it is necessary for the user to learn to work with this computational diversity, dominating often knowledge that is not of the biological area, implying in less time for a deepening in biological questions. Based on this context, we developed a pipeline to perform an automated fragment analysis, read preprocessing, genome assembly and orientation of contigs, having as the assembly the main objective of the pipeline and that it will be managed by a Web application called GATOOL (Genome Assembly Tool). Aiming to evaluate the performance of the application, tests were carried out with two samples of prokaryotic organisms, which are: Bacillus amyloliquefaciens and Serratia marcescens. Also perform a test with seven SRA samples. Both organisms are sequenced on the Ion PGMTM platform. The tools used to perform the assembly were SPAdes and Velvet, both assemblers use de Bruijn graph algorithm as a paradigm for the assembly of the genome, after this stage the resulting set of contigs was ordered through the CONTIGuator, which is a reference ordering. We observed that the interface GATOOL allowed a quick and easy execution of several steps and processes in the field of genome assembly, including the assembly of two prokaryotic species in an automated way, thus facilitating the use and accomplishment of such processes by any user.
Keywords: Genome assembly
Bacterial
NGS
Pipeline
Montagem de genoma
Bactéria
???metadata.dc.subject.cnpq???: CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
Language: por
???metadata.dc.publisher.country???: Brasil
Publisher: Universidade Estadual de Feira de Santana
???metadata.dc.publisher.initials???: UEFS
???metadata.dc.publisher.department???: DEPARTAMENTO DE CIÊNCIAS EXATAS
???metadata.dc.publisher.program???: Mestrado em Computação Aplicada
Citation: OLIVEIRA, Matheus Brito de. GATOOL - Genome Assembly Tool: uma ferramenta web para montagem de genomas bacterianos. 2017. 95 f. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada)- Universidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana, 2017.
???metadata.dc.rights???: Acesso Aberto
URI: http://localhost:8080/tede/handle/tede/513
Issue Date: 12-Jun-2017
Appears in Collections:Coleção UEFS

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