@PHDTHESIS{ 2022:92072144,
 	title = {Isolamento e caracteriza??o de ?leos essenciais e bacteri?fagos como tratamentos de controle biol?gico para Salmonella enterica},
 	year = {2022},
 	url = "http://tede2.uefs.br:8080/handle/tede/1987",
 	abstract = "Antecedentes: As doen?as transmitidas por alimentos s?o um problema de sa?de p?blica global, 1 de cada 10 pessoas adoecendo ap?s ingerir alimentos contaminados todos os anos. No Brasil, Salmonella enterica sorovar Enteritidis ? uma amea?a significativa na sa?de publica. Bacteri?fagos (fagos; v?rus de bact?rias), t?m potencial para serem usados ??como m?todos antimicrobianos naturais para controlar pat?genos bacterianos como Salmonella spp. Objetivos: A tese tem cinco cap?tulos, os objetivos de cada cap?tulo foram: 1) Desenvolver uma revis?o narrativa sobre as aplica??es da terapia f?gica para v?rias doen?as infecciosas, farmacologia dos fagos, respostas imunol?gicas aos fagos, preocupa??es legais e os potenciais benef?cios e desvantagens deste novo tratamento. 2) Desenvolver uma revis?o sistem?tica e meta-an?lise que avaliou a efici?ncia de fagos patenteados como controle biol?gico de pat?genos de origem alimentar e determinou as caracter?sticas f?sico-qu?micas do efeito antimicrobiano. 3) Determinar a atividade antimicrobiana de dezessete extratos vegetais, ?leos essenciais comerciais, carvacrol e timol contra Salmonella ATCC 14028. 4) Descrever a caracteriza??o fenot?pica e gen?mica do isolado da cepa Salmonella SE3 do Rio Suba?, Santo Amaro, BA-Brasil. 5) Descrever a caracteriza??o fenot?pica e gen?mica do fago SF1, isolado do Rio Suba?, Santo Amaro, BA-Brasil. Determinamos a gama de hospedeiros do fago SF1 contra cepas de Salmonella e outras esp?cies de bact?rias. Resultados: A revis?o sistem?tica foi desenvolvida utilizando bases de artigos cient?ficos e de patentes com crit?rios de inclus?o e exclus?o aplicados por processos autom?ticos e manuais. Uma meta-an?lise de efeitos aleat?rios foi realizada e revelou: (i) efeito antimicrobiano significativo de fagos de Listeria em ma??, suco de ma??, p?ra e suco de p?ra (ii) efeito antimicrobiano significativo de fagos de Salmonella em ovos, ma?? e frango pronto para cozinhar, (iii) nenhuma heterogeneidade foi identificada em qualquer meta-an?lise, (iv) vi?s de publica??o foi detectado em fagos de Listeria, mas n?o em fagos de Salmonella. (v) Os fagos ListShield e Felix01 apresentaram o melhor resultado para o controle biol?gico de Listeria e Salmonella, respectivamente, (vi) concentra??o de fago e bact?ria, tempo e alimento tiveram efeito significativo no controle biol?gico de Listeria, (vii) temperatura e tempo tiveram efeito significativo sobre a atividade antimicrobiana de fagos de Salmonella. Al?m disso, a atividade antibacteriana de 17 plantas da regi?o semi?rida do nordeste do Brasil, os extratos foram macerados usando hexano, acetato de etila e etanol para produzir 51 extratos. Foram avaliados seis ?leos essenciais produzidos comercialmente e os ?leos essenciais de Croton heliotropiifolius (obtido por hidrodestila??o), timol e carvacrol contra Salmonella por meio de abordagens in vitro. O ?leo essencial de bot?o de cravo e o timol mostraram atividade contra Salmonella na concentra??o de 1mg/ml.
 Salmonella SE3 foi isolada do solo do Rio Suba? em Santo Amaro, Brasil, regi?o contaminada com metais pesados ??e res?duos org?nicos. A montagem de sequenciamento h?brido de novo de Salmonella SE3 empregando o sequenciamento Illumina HiSeq e o sequenciamento de genoma inteiro ONT MinION rendeu 10 contigs e mostrou 99,98% de identidade com Salmonella enterica subsp. enterica sorovar Enteritidis OLF-SE2-98984-6. Doze ilhas patog?nicas de Salmonella, m?ltiplos genes de virul?ncia, m?ltiplos genes de resist?ncia antimicrobiana, sete sistemas de defesa, sete profagos e um gene de resist?ncia a metais pesados ??(arsC) foram identificados. A an?lise do pangenoma do clado S. enterica, incluindo SE3, revelou um pangenoma aberto, com um genoma central de 2.137 genes. O genoma acess?rio compreendeu 3.390 shared genes e 69.352 singletons genes.
 Al?m disso, o fago SF1 foi isolado e caracterizado, o genoma dele foi sequenciado nas plataformas ONT MinION e Illumina Hiseq, tr?s montagens gen?micas a partir das sequ?ncias do MinION, Hiseq e MinION + Hiseq (montagem h?brido) foi obtidas, os genomas foram anotados e analisados, e seus genomas foram comparados com o fago Salmonella de refer?ncia. A montagem do MinION apresentou os melhores resultados. Al?m disso, n?o foram identificados genes de ciclo lisog?nico, resist?ncia antimicrobiana e virul?ncia em nosso trabalho. O fago SF1 mostrou atividade contra vinte e sete cepas: Salmonella var. Enteritidis, Salmonella var. Typhimurium, Salmonella var. Minnesota, Shigella flexneri, Escherichia coli, Escherichia cloacae, Escherichia fergusonii, Citrobacter europeus, Citrobacter freundii, Corynebacterium pseudotuberculosis, Corynebacterium striatum, Glutamicibacter creatinolyticus, Klebsiella oxytoca, Listeria monocytogenes e Rodococos iaqui.
 Conclus?es: Em resumo, avaliamos a efici?ncia de fagos previamente patenteados como controle biol?gico de frutas e hortali?as e carnes. A maioria dos extratos de produtos naturais testados neste estudo n?o apresentou atividade antimicrobiana significativa contra Salmonella enterica subsp. Typhimurium ATCC 14028. No entanto, o ?leo essencial de bot?o de cravo e o timol mostraram atividade contra Salmonella na concentra??o de 1mg/ml. Por outro lado, mostramos a efic?cia de uma abordagem de montagem h?brida (HiSeq e MinION) para an?lise do genoma de Salmonella SE3. A montagem do genoma h?brido permitiu a identifica??o de genes de virul?ncia e resist?ncia, elementos gen?ticos m?veis e an?lise de pangenoma. No entanto, a plataforma MinION apresentou a melhor montagem para o fago SF1. Dois receptores foram identificados: receptor de prote?na da cauda. A gama de hospedeiros do fago SF1 mostrou atividade contra 27 cepas. O fago SF1 mostrou ser um fago polivalente.",
 	publisher = {Universidade Estadual de Feira de Santana},
 	scholl = {Doutorado Acad?mico em Biotecnologia},
 	note = {DEPARTAMENTO DE CI?NCIAS BIOL?GICAS}
}